مرجع رسیدگی به پرونده مودیان مالیاتی در خصوص مشاغل و اشخاص حقوقی هیات‌های حل اختلاف مالیاتی می‌باشد.
اولین مرجع به عنوان هیات حل اختلاف مالیاتی بعد از عدم توافق با رئیس اداره مالیاتی هیات بدوی بر اساس ماده ۲۴۴ قانون مالیات‌های مستقیم می‌باشد.
یکی از شروط لازم برای هیات‌های بدوی حضور هر سه نفر اعم از قاضی شاغل یا بازنشسته، نماینده صنف و نماینده اداره امور مالیاتی می‌باشد.
آرا هیات‌های حل اختلاف مالیاتی قطعی و لازم الاجراست مگر اینکه ظرف ۲۰ روز طبق ماده ۲۴۷ قانون اعتراض به رای هیات بدوی انجام شود و پرونده به هیات تجدید نظر ارسال گردد که یکی از شرط‌های لازم برای هیات تجدید نظر این می‌باشد که نمایندگان هیات‌های قبل نباید در این هیات مجددا حضور پیدا کنند.
در صورتی که رای هیات تجدید نظر ابلاغ شود مودی ظرف ۳۰ روز از ابلاغ برگ قطعی به مودی طبق ماده ۲۵۱ قانون می‌تواند اعتراض خود را با توجه به اینکه مستند به مدارک و دلایل مثبته باشد به هیات ۲۵۱ یا شورای عالی مالیاتی ارسال نماید.
در مورد مالیات‌های قطعی در صورتی که در مرجع دیگری قابل طرح نباشد و به ادعای غیر عادلانه بودن مالیات طبق ماده ۲۵۱ مکرر مودی می‌تواند به این هیات اعتراض نموده و طرح شکایت کند که رای صادره قطعی و لازم الاجراست.
در تمامی مراحل بعد از صدور رای ارای صادر شده قطعی و لازم الاجرا می‌باشند مگر در صورتی که اعتراض در موعد مقرر ثبت گردد