کارت بازرگانی خود به تنهایی مشمول مالیات نمی شود ولی درآمد آن شامل مالیات خواهد بود. برای اشخاص حقیقی بر اساس درآمد مشمول مالیات طبق نرخ ماده 131 قانون مالیات های مستقیم و برای اشخاص حقوقی 25% درآمد محاسبه و دریافت می گردد.
ماده 130: طبق این ماده حساب های گذشته موضوع مواد 3 تا 16 و تبصره 3 ماده 59، ماده 129 قانون مالیات های مستقیم مصوب 3/12/1366 و اصلاحیه های بعدی آن قابل مطالبه و وصول نخواهد بود.
تبصره: وزارت امور اقتصادی و دارایی می تواند بدهی مالیات هایی که سال تحصیل درآمد مربوط یا تعلق آن ها حسب مورد قبل از سال 1368 باشد را تا سقف یک میلیون ریال برای هر موردی در نقاطی که مقتضی بداند کلاَ یا جزئاَ مورد بخشودگی قرار دهد.
ماده 131: برای اشخاص حقیقی میزان مالیات بردرآمد به استثنای مواردی که طبق مقررات این قانون دارای نرخ جداگانه ای می باشد به شرح  زیر است:
– تا میزان سی میلیون ریال درآمد مشمول مالیات سالانه به نرخ پانزده درصد
– تا میزان یکصد میلیون ریال درآمد مشمول مالیات سالانه نسبت به مازاد سی میلیون ریال به نرخ بیست درصد
– تا میزان دویست و پنجاه میلیون ریال درآمد مشمول مالیات سالانه نسبت به مازاد یکصد میلیون ریال به نرخ بیست و پنج درصد
– تا میزان یک میلیارد ریال درآمد مشمول مالیات سالانه نسبت به مازاد دویست و پنجاه میلیون ریال به نرخ سی درصد
– نسبت به مازاد یک میلیارد ریال درآمد مشمول مالیات سالانه به نرخ سی و پنج درصد
– دریافت مالیات علی الحساب 4 درصد از کارت بازرگانی
به موجب بخشنامه گمرک، دارندگان کارت های بازرگانی ملزم به پرداخت مالیات علی الحساب واردات قطعی کالا را به میزان 4 درصد مجموع ارزش گمرکی و حقوق ورودی خواهند بود.
در این رابطه گمرک جمهوری اسلامی ایران ضمن بخشنامه ای اقدام به  ارائه گمرکات اجرایی نموده است. اظهار کالا از تاریخ ابلاغ 6 / 2 / 95 مشمول مالیات علی الحساب واردات قطعی کالا به میزان 4 درصد از مجموع ارزش گمرکی و حقوق ورودی مندرج در اظهارنامه گمرکی تعیین خواهد شد. موارد ذیل مشمول پرداخت مالیات مذکور نخواهند بود:
1- واحدهای تولیدی دارای پروانه بهره برداری و همچنین ماشین آلات خطوط تولیدی برای واحدهای تولیدی دارای جواز تاسیس از وزارت خانه های ذیربط
2-کارت های بازرگانی رتبه بندی شده با رتبه طلایی ( رتبه الف ) پس از تایید مراتب از سوی اتاق صنایع و معادن ذیربط در هر مورد
3- وارد کنندگان خوش حساب معرفی شده از سوی سازمان امور مالیاتی کشور با ارائه گواهی مفاصا حساب مالیاتی
4-سازمان ها، موسسات و سازمان های دولتی، شهرداری و کلیه دستگاه های اجرایی دارای ردیف بودجه ای کشور
5- کالاهای وارد شده از طریق پست و کالاهای همراه مسافر که جنبه تجاری نداشته باشد
6- کلیه کالاهای موضوع ماده 119 قانون امور گمرکی مصوب سال 1390
بر این اساس در صورت تشخیص گمرک مبنی بر اینکه دارنده کارت بازرگانی علیرغم صراحت تبصره 4 ذیل بند 3 ماده 10 آیین نامه اجرایی قانون مقررات صادرات و واردات اقدام به واگذاری غیر برای استفاده از مزایای کارت نموده، لازم است علاوه بر اخذ مالیات علی الحساب به میزان فوق الذکر مفاصا حساب مالیاتی دارنده کارت بازرگانی نیز اخذ شود.
لازم به ذکر است تمامی وارد کنندگان کالا اعم از اشخاص حقیقی و حقوقی دارنده کارت بازرگانی یا کارت پیله وری و نیز اشخاص فاقد کارت بازرگانی با رعایت موارد مستثنی شده در بند 2 مشمول پرداخت مالیات علی الحساب موصوف خواهند بود.